Gỡ vướng chính sách thuế, giảm áp lực cho doanh nghiệp thủy sản

Các kiến nghị tập trung vào hoàn thuế GTGT, thống nhất cách áp dụng chính sách, phân định sơ chế và chế biến, ưu đãi thuế TNDN, tỷ giá trên hóa đơn điện tử, hàng xuất khẩu bị trả về và thuế TNCN.

Hoàn thuế GTGT và bài toán thống nhất chính sách

Những vướng mắc được VASEP phản ánh cho thấy doanh nghiệp đang phải xử lý nhiều điểm giao thoa giữa chính sách thuế, thủ tục hải quan và cách thực thi tại từng địa phương. Khi các quy định chưa được áp dụng thống nhất, chi phí tuân thủ và rủi ro tài chính có thể gia tăng, ảnh hưởng trực tiếp đến hiệu quả kinh doanh.

Theo Công văn số 152/CV-VASEP ngày 30/9/2026, một trong những vấn đề được doanh nghiệp quan tâm là tiến độ hoàn thuế GTGT. Hệ thống tự động cảnh báo rủi ro tại một số hóa đơn hoặc nhà cung cấp F2, F3 có thể khiến toàn bộ hồ sơ hoàn thuế phải chờ xác minh, kể cả phần giao dịch không có dấu hiệu rủi ro.

VASEP kiến nghị cơ quan thuế khoanh đúng phần tiền có rủi ro để xác minh, đồng thời giải quyết hoàn thuế đối với phần đáp ứng đầy đủ điều kiện. Hiệp hội cũng đề nghị không tự động bác hồ sơ hoặc thu hồi thuế chỉ dựa trên cảnh báo F2, F3 hoặc việc nhà cung cấp thay đổi trạng thái hoạt động sau thời điểm giao dịch.

Một vấn đề khác liên quan đến nguyên liệu nhập khẩu theo loại hình A11/A12 được đưa vào sản xuất, sau đó xuất khẩu theo B11. Hiệp hội đề nghị làm rõ quyền hoàn thuế GTGT dựa trên bản chất sử dụng hàng hóa, tránh cách hiểu khác nhau trong quá trình xử lý hồ sơ.

Chính sách thuế GTGT đối với sản phẩm thủy sản cũng cần được thống nhất. Cùng một sản phẩm như tôm, cá, mực, nghêu đông lạnh hoặc sơ chế có thể được áp dụng cách xác định khác nhau tại các địa phương. Có trường hợp sản phẩm được xác định là không chịu thuế, có trường hợp thuộc diện không phải kê khai, tính nộp thuế, trong khi nơi khác áp dụng thuế suất 8% hoặc 10%.

Sự thiếu thống nhất tạo ra rủi ro ngay trong quan hệ giữa doanh nghiệp mua và bán. Cơ quan thuế quản lý bên bán có thể chấp nhận hóa đơn có thuế, trong khi cơ quan thuế quản lý bên mua lại không chấp nhận khấu trừ hoặc hoàn thuế đầu vào. Với biên lợi nhuận của ngành chỉ khoảng 3%-5%, khoản thuế 8%-10% nếu không được khấu trừ hoặc hoàn trả có thể tạo áp lực lớn lên hiệu quả kinh doanh.

VASEP đề nghị ban hành hướng dẫn thống nhất trên toàn quốc, kèm bảng tra cứu theo nhóm sản phẩm và quy trình sản xuất như tươi sống, đông lạnh, hấp, luộc. Cách tiếp cận này sẽ giúp doanh nghiệp có cơ sở xác định nghĩa vụ thuế ngay từ khâu giao dịch, đồng thời hạn chế cách hiểu khác nhau giữa các địa phương.

Làm rõ sơ chế, chế biến và liên thông thực thi

Phân định giữa “sơ chế” và “chế biến” là một điểm vướng khác được VASEP nhấn mạnh. Các công đoạn làm sạch, bỏ đầu, bóc vỏ, fillet, cấp đông, mạ băng có thể được xác định là “sơ chế thông thường” khi xem xét thuế GTGT, trong khi theo Hệ thống ngành kinh tế tại Quyết định 36/2025/QĐ-TTg lại thuộc hoạt động chế biến.

Theo VASEP, cần tách rõ tiêu chí xác định ngành nghề kinh tế với tiêu chí xác định chế độ thuế theo pháp luật về GTGT và thuế TNDN. Việc một sản phẩm được xác định là sơ chế hoặc chế biến trong chính sách thuế GTGT không nên mặc nhiên được sử dụng để xác định hoạt động chế biến khi xem xét ưu đãi thuế TNDN.

Cách xác định này có ý nghĩa trực tiếp đối với doanh nghiệp nhận gia công nguyên liệu. Các hoạt động fillet, cấp đông được thực hiện trên nguyên liệu do đối tác sở hữu có nguy cơ bị loại khỏi hoạt động chế biến thủy sản chỉ vì doanh nghiệp gia công không sở hữu nguyên liệu. VASEP cho rằng quyền sở hữu nguyên liệu không nên là căn cứ duy nhất để xác định hoạt động chế biến.

Việc phân loại sản phẩm chính và phụ phẩm cũng cần được hướng dẫn rõ hơn. Các sản phẩm như bột cá, mỡ cá phát sinh trong quá trình sản xuất đang có cách xác định ngành chưa thống nhất. Hiệp hội đề nghị có tiêu chí xác định tỷ lệ giá trị nguyên liệu nông nghiệp, thủy sản trong chi phí sản xuất đối với quy trình tạo ra đồng thời sản phẩm chính và phụ phẩm.

Về tỷ giá, doanh nghiệp gặp tình trạng số liệu quy đổi VND trên hóa đơn điện tử và tờ khai hải quan khác nhau do thời điểm và mục đích xác định tỷ giá khác nhau. VASEP đề nghị không bắt buộc doanh nghiệp sử dụng một tỷ giá duy nhất cho mọi chứng từ, thay vào đó xây dựng nguyên tắc đối chiếu thống nhất giữa cơ quan thuế, hải quan và hệ thống kế toán.

Đối với hàng xuất khẩu bị trả về để sửa chữa, tái chế rồi tái xuất, VASEP đề nghị chuyển sang cơ chế không chịu thuế GTGT đối với hàng tái nhập. Cùng với đó là thống nhất mã loại hình, hồ sơ và quy trình điều chỉnh doanh thu, thuế GTGT đã hoàn, hạn chế tình trạng doanh nghiệp phải thực hiện theo cơ chế “nộp trước - hoàn sau”.

Hiệp hội cũng kiến nghị điều chỉnh cách khấu trừ thuế TNCN đối với tiền lương tháng cuối được chi trả sau khi người lao động chấm dứt hợp đồng. Trường hợp tiền lương phát sinh trong thời gian hợp đồng trên 3 tháng còn hiệu lực, doanh nghiệp đề nghị được áp dụng biểu thuế lũy tiến từng phần thay vì khấu trừ 10% như khoản chi trả cho lao động vãng lai.

Một yêu cầu trong 8 nhóm kiến nghị là tăng tính liên thông và thống nhất trong thực thi chính sách. VASEP đề xuất thiết lập cơ chế kế thừa kết quả thanh tra, kiểm tra, hạn chế kiểm tra lại những nội dung đã được kết luận khi không có chứng cứ mới. Hiệp hội cũng kiến nghị ban hành hướng dẫn liên ngành giữa Thuế, Hải quan và cơ quan quản lý thủy sản, đồng thời xây dựng bộ tình huống chuẩn để áp dụng thống nhất trên toàn quốc.

Việc xử lý các vướng mắc này sẽ giúp doanh nghiệp thủy sản giảm rủi ro trong thực hiện nghĩa vụ thuế, chủ động hơn trong quản trị dòng tiền và hạn chế chi phí phát sinh từ cách hiểu khác nhau giữa các cơ quan quản lý.