Bỏ kê khai thuế GTGT với nông, lâm, thủy sản chưa chế biến

Thiết kế lại cơ chế kê khai và khấu trừ

Sự điều chỉnh này được cụ thể hóa tại Nghị định số 359/2025/NĐ-CP do Chính phủ ban hành, sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn thi hành Luật thuế GTGT, qua đó làm rõ hơn cơ chế vận hành của thuế GTGT trong những phân khúc đặc thù vốn tồn tại nhiều vướng mắc kéo dài trong thực tiễn áp dụng chính sách nhiều năm qua. Điểm đáng chú ý không nằm ở việc miễn trừ nghĩa vụ thuế theo nghĩa truyền thống, mà ở cách thức thiết kế lại quan hệ giữa kê khai, nộp thuế và khấu trừ, nhằm bảo đảm tính liên thông của hệ thống thuế GTGT, đồng thời giảm thiểu chi phí tuân thủ cho doanh nghiệp.

Theo quy định mới, doanh nghiệp, hợp tác xã và liên hiệp hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, khi mua nông, lâm, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường và bán lại cho các doanh nghiệp, hợp tác xã khác ở khâu kinh doanh thương mại, sẽ không phải kê khai, tính và nộp thuế GTGT đầu ra. Tuy nhiên, điều quan trọng là dù không phát sinh nghĩa vụ thuế đầu ra, các tổ chức này vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo đúng nguyên tắc của Luật thuế GTGT.

Cách tiếp cận này được đánh giá là đã giải quyết một mâu thuẫn lớn tồn tại trong thực tiễn, khi nhiều doanh nghiệp tham gia khâu trung gian của chuỗi nông sản rơi vào tình trạng vừa không được hoàn thuế, vừa gặp khó khăn trong hạch toán chi phí, làm méo mó dòng tiền và giảm hiệu quả hoạt động kinh doanh. Việc bảo đảm quyền khấu trừ trong khi không yêu cầu kê khai, nộp thuế đầu ra giúp khôi phục logic vận hành của thuế GTGT như một sắc thuế đánh vào giá trị gia tăng thực sự, thay vì trở thành gánh nặng hành chính trong những khâu mà giá trị gia tăng không lớn.

Phân định rõ đối tượng áp dụng, giảm rủi ro và chi phí tuân thủ cho doanh nghiệp

Song song với đó, Nghị định cũng phân định rõ các tình huống áp dụng để tránh cách hiểu và thực hiện không thống nhất. Trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã bán các sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường cho hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh hoặc cho các tổ chức, cá nhân khác không thuộc nhóm doanh nghiệp, hợp tác xã, thì vẫn phải kê khai và áp dụng thuế suất GTGT 5% theo quy định. Việc phân biệt rạch ròi đối tượng mua bán giúp giảm rủi ro áp dụng sai chính sách, đồng thời tạo hành lang pháp lý rõ ràng hơn cho người nộp thuế.

Đối với nhóm hộ, cá nhân sản xuất, kinh doanh và các tổ chức kinh tế nộp thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp, quy định hiện hành tiếp tục được duy trì, theo đó khi bán nông, lâm, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường ở khâu kinh doanh thương mại, thuế GTGT phải nộp được xác định bằng 1% doanh thu. Cách tiếp cận này được xem là phù hợp với đặc thù quản lý và quy mô hoạt động của nhóm đối tượng áp dụng phương pháp tính thuế trực tiếp, đồng thời bảo đảm tính ổn định của chính sách trong ngắn hạn.

Một điểm thay đổi quan trọng khác là việc bãi bỏ quy định từng được xem là “điểm nghẽn” trong công tác hoàn thuế, theo đó không còn yêu cầu người bán phải kê khai, nộp thuế GTGT thì người mua mới đủ điều kiện được hoàn thuế. Đối với các hồ sơ hoàn thuế đã được cơ quan thuế tiếp nhận trước ngày 1/1/2026 nhưng chưa có quyết định hoàn thuế hoặc quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước, cơ sở kinh doanh không còn phải đáp ứng điều kiện này. Quy định chuyển tiếp được đánh giá là tháo gỡ căn bản những vướng mắc kéo dài trong thực tiễn, đặc biệt đối với các doanh nghiệp xuất khẩu nông sản vốn chịu áp lực lớn về dòng tiền.

Theo Bộ Tài chính, toàn bộ các điều chỉnh nêu trên nhằm bảo đảm sự phù hợp với Luật thuế GTGT số 48/2024/QH15 và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT, đồng thời làm rõ ranh giới giữa các nhóm đối tượng không chịu thuế, chịu thuế suất 5%, không phải kê khai, tính nộp thuế và đối tượng áp dụng phương pháp tính trực tiếp. Việc chuẩn hóa cách hiểu và cách thực hiện chính sách được kỳ vọng sẽ tạo nền tảng ổn định hơn cho hoạt động sản xuất, kinh doanh trong lĩnh vực nông, lâm, thủy sản.