Gỡ vướng hoàn thuế, khơi thông dòng vốn doanh nghiệp

Xác minh kéo dài, chính sách chưa đồng nhất

Tính đến ngày 21/9/2026, cả nước đã ban hành 14.058 quyết định hoàn thuế GTGT với tổng số tiền 142.599 tỷ đồng, bằng 144% so với cùng kỳ năm 2025 và đạt 82% dự toán cả năm. Khoảng 99% hồ sơ được nộp điện tử, trong đó 10.201 quyết định thuộc diện hoàn trước, kiểm tra sau và 87% số hồ sơ này được giải quyết trong vòng 6 ngày làm việc.

Kết quả cho thấy những hồ sơ đáp ứng điều kiện đang được xử lý nhanh hơn nhờ quy trình điện tử và phân loại rủi ro, song các hồ sơ phải xác minh nhiều địa phương hoặc liên quan đến những quy định chưa thống nhất vẫn kéo dài, tạo áp lực lên dòng tiền của doanh nghiệp.

Tại hội nghị, cơ quan Thuế cho biết đã kiểm tra trước hoàn 3.392 hồ sơ với tổng số tiền đề nghị hoàn 64.024,3 tỷ đồng và giải quyết hoàn 56.529 tỷ đồng, tương đương 88,3%. Ở khâu hậu kiểm, 5.990 quyết định với tổng số tiền 29.120 tỷ đồng đã được kiểm tra, qua đó phát hiện 1.817 quyết định có sai phạm, chiếm 30,3%, với số tiền xử phạt và truy thu 332,2 tỷ đồng.

Theo đại diện Ban Kiểm tra của Cục Thuế, việc đưa hồ sơ có rủi ro cao vào diện kiểm tra trước hoàn giúp cơ quan quản lý kiểm soát sai phạm từ sớm, trong khi nhóm hoàn trước, kiểm tra sau được xử lý nhanh hơn. Tuy nhiên, quá trình xác minh liên tỉnh vẫn gặp nhiều khó khăn do việc cung cấp thông tin từ ngân hàng chưa kịp thời, trong khi tiêu chí đánh giá rủi ro giữa cơ quan Thuế và Hải quan còn có sự khác biệt.

Đây cũng là vấn đề được cộng đồng doanh nghiệp phản ánh tại hội nghị, bởi thời gian xác minh kéo dài đồng nghĩa với thời gian doanh nghiệp phải chờ nguồn tiền thuế đã nộp. Với các doanh nghiệp xuất khẩu có lượng thuế GTGT đầu vào lớn, việc chậm hoàn thuế tác động trực tiếp đến khả năng quay vòng vốn và kế hoạch sản xuất, kinh doanh.

Ngành gỗ là một trong những lĩnh vực phản ánh rõ vướng mắc này. Đại diện Hiệp hội Gỗ và Lâm sản Việt Nam cho biết doanh nghiệp nhập khẩu gỗ rừng trồng chưa chế biến hoặc sơ chế phải nộp thuế GTGT 8%, nhưng khi sử dụng nguyên liệu để sản xuất hàng xuất khẩu lại gặp khó khăn trong việc hoàn thuế. Quy định về công đoạn sơ chế như xẻ, sấy cũng được áp dụng chưa thống nhất giữa các địa phương, dẫn đến cách xử lý hồ sơ khác nhau.

Với hàng hóa đưa vào kho ngoại quan, Cục Thuế cho biết quy định hiện hành chưa làm rõ tiêu chí, thời điểm và hồ sơ để xác định hàng hóa có được xem là “tiêu dùng trong khu phi thuế quan” hay không. Cơ quan Thuế đang lấy ý kiến Bộ Tư pháp, Bộ Công Thương để báo cáo cấp có thẩm quyền hướng dẫn.

Đối với xuất khẩu tại chỗ, cơ quan Thuế xác định việc hoàn thuế phải căn cứ vào tờ khai hải quan được mở đúng quy định. Nếu cơ quan Hải quan xác định doanh nghiệp chưa đủ điều kiện mở tờ khai theo loại hình xuất khẩu tại chỗ, hồ sơ chưa đủ căn cứ để cơ quan Thuế thực hiện hoàn thuế. Nội dung này đang được rà soát trong quá trình sửa đổi Nghị định 08.

Phân luồng hồ sơ, tăng tự động hóa

Để xử lý các hồ sơ còn tồn đọng, Ban Kiểm tra của Cục Thuế đưa ra bốn nhóm giải pháp gồm phân luồng hồ sơ bị kéo dài, chuẩn hóa quy trình kiểm tra và xác minh, thực hiện hoàn thuế từng phần đối với khoản đã đủ điều kiện và quy định thời hạn phản hồi đối với các yêu cầu xác minh.

Việc hoàn thuế từng phần nhằm giải quyết những khoản đã đủ căn cứ thay vì giữ toàn bộ hồ sơ chỉ vì một số nội dung chưa hoàn tất xác minh. Cùng với đó, cơ quan Thuế sẽ xác định rõ lý do hồ sơ chậm, số tiền được hoàn, số tiền chưa đủ điều kiện và thời hạn xử lý, đồng thời xem xét trách nhiệm đối với trường hợp giải quyết quá hạn theo quy định.

Ngành Thuế cũng chuyển trọng tâm sang tự động hóa và ứng dụng công nghệ trong toàn bộ quy trình. Phó Cục trưởng Cục Thuế Mai Sơn cho biết mục tiêu là xây dựng quy trình xử lý tự động, giảm sự can thiệp trực tiếp của cán bộ và để hệ thống hỗ trợ nhận diện hồ sơ tuân thủ, hồ sơ có rủi ro cần kiểm tra.

AI và chatbot được nghiên cứu để hỗ trợ phân loại vướng mắc, tra cứu hướng dẫn và cung cấp thông tin thống nhất cho doanh nghiệp. Khi những khâu này được số hóa, cán bộ thuế có thể tập trung vào các hồ sơ có rủi ro cao thay vì xử lý thủ công những trường hợp đã đủ điều kiện.

Cơ quan Thuế đồng thời yêu cầu chấn chỉnh việc thực thi công vụ, khẳng định cán bộ thuế không được gây khó khăn, ép doanh nghiệp rút hồ sơ hoặc từ chối tiếp nhận hồ sơ đủ điều kiện. Ngành Thuế sẽ thiết lập đường dây nóng để tiếp nhận phản ánh trực tiếp và bảo mật thông tin người cung cấp.

Đại diện Hiệp hội Doanh nghiệp Hàn Quốc tại Việt Nam đề xuất tham khảo cơ chế hoàn thuế định kỳ 6 tháng sau quyết toán của Hàn Quốc, đồng thời phản ánh những khó khăn khi áp dụng mẫu kê khai trực tuyến mới từ ngày 1/7 trong khi biểu mẫu vẫn đang được hoàn thiện.

Yêu cầu đặt ra với cơ quan quản lý là vừa kiểm soát chặt hồ sơ có rủi ro, vừa bảo đảm doanh nghiệp tuân thủ được hoàn thuế đúng thời hạn. Để đạt mục tiêu này, việc thống nhất cách hiểu và áp dụng chính sách giữa các cơ quan, kiểm soát thời gian xác minh và xử lý dứt điểm hồ sơ tồn đọng sẽ quyết định hiệu quả của chính sách hoàn thuế trong thời gian tới.